L'isola di Favignana fu anticamente chiamata Aegusa da Aegades o Aegates, che dava il nome al gruppo delle isole, Favignana.
Aegades in greco significa isola delle capre, e quindi l'Egusa assunse anche il nome di Capraia, ritenendosi che fosse popolata di capre selvatiche, come ne riferisce Omero nel libro dell'Odissea.
Si ebbe anche l'appellativo di Aponiana Insula, ed in seguito venne chiamata Favoniana in latino e Faugnana o Favignana in Italiano.